Για τη διασφάλιση της διαφάνειας και το απαρέγκλιτο εφαρμογής των διαδικασιών λειτουργίας του ΠΤΑ πραγματοποιήθηκαν όλες οι απαιτούμενες ενέργειες, καθορίστηκαν και καταγράφηκαν οι κανόνες, οι ενέργειες και η διαδικασία μεθόδευσης και υλοποίησης του συνόλου των αρμοδιοτήτων του ΠΤΑ Κρήτης. Εφαρμόστηκε το σύστημα ποιότητας , ολοκληρώθηκε επιτυχώς η επιθεώρηση από τον αρμόδιο φορέα πιστοποίησης (TUV Hellas) και το Ταμείο έλαβε το πιστοποιητικό ISO 9001-2000 την 20/10/2008.