Το ταμείο διοικείται από εννεαμελές Διοικητικό Συμβούλιο και τον Πρόεδρο. Το διοικητικό συμβούλιο συγκροτείται με απόφαση του Περιφερειάρχη για πενταετή θητεία και αποτελείται από:
Τα υπό στοιχεία β΄, γ΄, ε΄, ζ΄, η΄ μέλη ορίζονται με τους αναπληρωτές τους, από τον Περιφερειάρχη. Με την ίδια απόφαση ορίζεται ένα από τα μέλη του Δ.Σ. ως Αντιπρόεδρος.
Το Διοικητικό Συμβούλιο επιμελείται των υποθέσεων και των συμφερόντων του Ταμείου και το διοικεί. Αποφασίζει για κάθε θέμα σχετικό με τις αρμοδιότητες του Ταμείου, εκτός από τα θέματα που ανήκουν στην αρμοδιότητα του Προέδρου.
Ο Πρόεδρος του Ταμείου:
Τον Περιφερειάρχη ως Πρόεδρο του Περιφερειακού Ταμείου Ανάπτυξης, όταν απουσιάζει ή κωλύεται ή η θέση είναι κενή, αναπληρώνει ο αντιπρόεδρος.
Ο Διευθυντής του ΠΤΑ διευθύνει και συντονίζει τα τέσσερα τμήματα του Ταμείου, που είναι:
Οι αρμοδιότητες του Τμήματος Οικονομικής Διαχείρισης Επενδυτικών Προγραμμάτων είναι η διαχείριση, σύμφωνα με τις αποφάσεις του Περιφερειακού Συμβουλίου, του Προγράμματος Δημόσιων Επενδύσεων (ΠΔΕ), χρηματοδοτήσεων φορέων του δημόσιου τομέα και άλλων νομικών προσώπων, χρηματοδοτήσεων προερχόμενων από προγράμματα της Ευρωπαϊκής 'Ένωσης και άλλων διεθνών οργανισμών και λοιπών φορέων του εξωτερικού, οι οποίες αφορούν τα περιφερειακά, τα νομαρχιακά, τα τοπικά και τα ειδικά αναπτυξιακά προγράμματα της περιοχής της Περιφέρειας Κρήτης. Το Τμήμα «Οικονομικής Διαχείρισης Επενδυτικών Προγραμμάτων» έχει την ευθύνη για τον ορισμό των κανόνων και των ενεργειών που ακολουθούνται στην οικονομική διαχείριση των προγραμμάτων δημόσιων επενδύσεων. Αυτό σημαίνει ότι καθορίζονται όλα τα έγγραφα και τα δικαιολογητικά τα οποία πρέπει να ελέγχονται ως προς την ορθότητα των αναφερόμενων σε αυτά στοιχείων, την ισχύ τους και την πληρότητά τους και καταγράφονται σε ειδικό έντυπο, το «φύλλο ελέγχου».
Οι αρμοδιότητες του Τμήματος Επιστημονικοτεχνικής Υποστήριξης και Υλοποίησης Προγραμμάτων είναι η τεχνική υποστήριξη της Περιφέρειας και ιδίως στον τομέα της εκπόνησης μελετών και ερευνών για την αποδοτικότερη αξιοποίηση των πόρων και η συμμετοχή σε προγράμματα της ΕΕ, εκτέλεση έργων, η παροχή υπηρεσιών και η εφαρμογή προγραμμάτων για λογαριασμό του Ταμείου
Το τμήμα «Επιστημονικοτεχνικής Υποστήριξης και Υλοποίησης Προγραμμάτων» έχει την ευθύνη της υλοποίησης, εφαρμογής, παρακολούθησης και αξιολόγησης ευρωπαϊκών προγραμμάτων και δράσεων που αναθέτει η Περιφέρεια και άλλοι φορείς στο Π.Τ.Α.Κ., της διοικητικής υποστήριξης των απαιτούμενων ενεργειών, της παρακολούθησης συμβάσεων – μελετών, της κατάρτισης Π/Υ προγραμμάτων, τους οικονομικούς απολογισμούς (επιμέρους και συνολικούς) προγραμμάτων και δράσεων του Π.Τ.Α.Κ. και της εκτίμησης οφέλους – απώλειας και αναμενόμενης Εθνικής και Κοινοτικής Συμμετοχής, της ενημέρωσης του Δ.Σ για την πορεία των δράσεων/προγραμμάτων και της μηχανοργάνωσης προς όφελος του Π.Τ.Α.Κ. και της Περιφέρειας.
Το Τμήμα «Επιστ/κης Υποστήριξης και Υλοποίησης Προγραμμάτων» έχει την ευθύνη και την αρμοδιότητα της διοικητικής υποστήριξης και της οικονομικής παρακολούθησης Δράσεων (ευρωπαϊκών προγραμμάτων και μελετών) οι οποίες του ανατίθενται με σχετική πράξη ανάθεσης η οποία γίνεται αποδεκτή από το Δ.Σ του ΠΤΑΚ.
Ασχολείται με τη σύνταξη τεχνικών προδιαγραφών μηχανογραφικού εξοπλισμού καθώς και των αναθέσεων προμηθειών / υπηρεσιών για τις δράσεις που υλοποιεί.
Παρακολουθεί συμβάσεις και αποφάσεις, αξιολογεί το χρόνο απασχόλησης προσωπικού, τη χρήση ακίνητου εξοπλισμού.
Σε ετήσια βάση καταρτίζει Π/Υ Ευρωπαϊκών Προγραμμάτων με αναμενόμενα οφέλη και αναμενόμενη ιδία συμμετοχή. Σε τακτά χρονικά διαστήματα, ετησίως και στο κλείσιμο του κάθε προγράμματος - δράσης πραγματοποιεί οικονομικούς απολογισμούς των προγραμμάτων - δράσεων, διενεργεί απολογισμούς δραστηριοτήτων των προγραμμάτων τα οποία υλοποιεί, αξιολογεί την απορροφητικότητα, τα οφέλη και τις απώλειες πόρων. Εκτιμά αναλογικά την αναμενόμενη Εθνική, Κοινοτική και Ιδία Συμμετοχή από τις υλοποιούμενες δράσεις-προγράμματα και προβαίνει σε ενημέρωση του Δ.Σ σχετικά με το οικονομικό αποτέλεσμα.
Η παρακολούθηση επιτυγχάνεται με καταχώρηση δεδομένων σε βάση οικονομικής παρακολούθησης. Η τεκμηρίωση, η στατιστική και η τήρηση αρχείου μελετών που αφορούν στην Περιφέρεια η μηχανοργάνωση και γενικά η αξιοποίηση της Πληροφορικής προς όφελος των Υπηρεσιών του Ταμείου και της Περιφέρειας καθώς και η συντήρηση - ενημέρωση web - site, η συντήρηση - αντιμετώπιση προβλημάτων ηλεκτρονικών υπολογιστών, τηλεφωνικού κέντρου δικτύων αποτελούν εργασίες που πραγματοποιούνται στο Τμήμα από ειδικευμένο προσωπικό.
Το κύριο καθημερινό αντικείμενο του Τμήματος Οικονομικών Υπηρεσιών αποτελεί ο έλεγχος η λογιστική επεξεργασία των δαπανών των δικαιούχων και η εξόφλησή τους με την έκδοση των σχετικών ενταλμάτων και αποφάσεων πληρωμής. Το τμήμα είναι αρμόδιο για την κατάρτιση και την πορεία εκτέλεσης προϋπολογισμών του Π.Τ.Α.Κ. και την σύνταξη του ισολογισμού στο τέλος της χρήσης. Επίσης είναι αρμόδιο για την μισθοδοσία των εργαζομένων στο φορέα και για την τήρηση της νομοθεσίας σε θέματα προμηθειών και παροχής υπηρεσιών.
Οι αρμοδιότητες του Τμήματος Οικονομικών Υπηρεσιών είναι:
Το Τμήμα Διοικητικών Υπηρεσιών είναι αρμόδιο και έχει την ευθύνη των παρακάτω τομέων δραστηριοποίησης του ΠΤΑ Κρήτης :
Το τμήμα Διοικητικών Υπηρεσιών μεριμνά για την εξασφάλιση της ομαλής και εύρυθμης διακίνησης και διεκπεραίωσης των εγγράφων, την τήρηση πρωτοκόλλου εισερχομένων και εξερχόμενων εγγράφων καθώς και την τήρηση του αρχείου του πρωτοκόλλου.
Μεριμνά για την διακίνηση και διεκπεραίωση των εξερχομένων εγγράφων και τη διανομή αλληλογραφίας και φαξ, την γραμματειακή υποστήριξη της Διεύθυνσης, της Νομικής Υπηρεσίας και του ΔΣ. Ευθύνεται για τη λειτουργία του τηλεφωνικού κέντρου, την υποδοχή και την πληροφόρηση του κοινού.
Παρακολουθεί όλα τα θέματα υπηρεσιακής κατάστασης και ανάπτυξης του προσωπικού.
Για την αποτελεσματικότερη και αποδοτικότερη εκτέλεση των λειτουργιών του Ταμείου το τμήμα οργανώνει τον προγραμματισμό αδειών των υπαλλήλων και επιμελείται την συμμετοχή τους σε επιμορφωτικά προγράμματα κατάρτισης.
Έχει την ευθύνη συντήρησης και φύλαξης του εξοπλισμού καθώς και της καθαριότητας των κτιρίων.
Τέλος το τμήμα καλύπτει θέματα δημοσίων σχέσεων όπως συνδιοργανώσεις εκδηλώσεων, δραστηριότητες προβολής, δημοσιότητα και διαχείριση πιστώσεων για αναπτυξιακούς, πολιτιστικούς και κοινωνικούς σκοπούς.
Το Περιφερειακό Ταμείο Ανάπτυξης Κρήτης στελεχώνεται με προσωπικό υψηλής εξειδίκευσης, με μεγάλη εμπειρία στην περιφερειακή ανάπτυξη και την οικονομική διαχείριση έργων, προγραμμάτων, μελετών, προμηθειών και δράσεων αναπτυξιακού χαρακτήρα.